企业用于加计扣除的研发费用和用于申请高新认定的研发费用归集口径，在大块上都包括了人员人工费用；直接投入费用；折旧费用（高新认定上名称叫做折旧费用与长期待摊费用）；无形资产摊销费用；新产品设计费、新工艺规程制定费、新药研制的临床试验费、勘探开发技术的现场试验费（高新认定上叫做设计费用、装备调试费用与试验费用）；其他相关费用和委托外部研究开发费用，高新认定的研发费用归集口径主要体现在《高新技术企业认定管理工作指引》，用于加计扣除的研发费归集口径规定主要体现在财税【2015】119号、财税【2018】64号和国家税务总局公告2017年第40号，在这两个财税文件和公告出台以后，研发费归集口径已经基本趋于一致，但也还有一些差异。

差异一、折旧费用：高新认定上规定研发费用包括折旧费用与长期待摊费用，并解释 “折旧费用是指用于研究开发活动的仪器、设备和在用建筑物的折旧费。

加计扣除文件明确折旧费用是指“用于研发活动的仪器、设备的折旧费”，没有在用建筑物的折旧费用，更没有长期待摊费用一块。

差异二、其他相关费用：高新认定规定此项费用一般不得超过研究开发总费用的20%，另有规定的除外。

税务加计扣除规定：此项费用总额不得超过可加计扣除研发费用总额的10%。如果企业此处费用在没有超过10%的情况下才有可能一致。

差异三、委托境外研发费用，委托境外企业：委托境外企业进行研发活动：高新认定的规定：委托外部研究开发费用的实际发生额应按照独立交易原则确定，按照实际发生额的80%计入委托方研发费用总额。

税务加计扣除的规定，委托境外进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方的委托境外研发费用。委托境外研发费用不超过境内符合条件的研发费用三分之二的部分，可以按规定在企业所得税前加计扣除。

差异四、委托境外研发费用，委托境外个人：高新认定规定，委托外部研究开发费用是指企业委托境内外其他机构或个人进行研究开发活动所发生的费用。

加计扣除的税务规定：财税〔2018〕64号第六条本通知所称委托境外进行研发活动不包括委托境外个人进行的研发活动。意即委托境外个人的研发费用不在加计扣除的范围之内。